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微生物肥料是以微生物的生命活動及其代謝產物使植物得到特定肥料效應的一種制品，含有大量土壤活性有益微生物、有機質、腐殖酸和氨基酸。其作用是提高植物營養元素供應水平，抑制病害，活化土壤中被固定的磷、鉀等礦物營養，使之被植物吸收利用；幫助植物根系吸收水分及多種微量元素，加速作物秸稈腐熟，促進有機廢物發酵利用；它們本身產生的各類植物生長素對植物還有促進生長的作用。
影響微生物肥料的四因素分別是溫度、水分、營養、時間。它具有機肥的多效性和長效性, 化肥的速效性和微肥的增效性, 具有成本低、高效、安全、不污染環境等特點, 使用后可使糧食作物增產10%～30%, 瓜菜類增產20%～60% , 果樹類增產20%～40%, 并達到綠色食品要求。
果樹生長量大，產量相對較高，同時又是多年固定在一處生長，故而根際環境的優劣對其影響很大。近幾年，由于人們對土壤的干擾越來越大，樹齡增長、投入不足，根際環境越來越惡化，導致果樹根腐病有逐年加劇的趨勢。陜西果樹區白水、合陽、澄城、蒲城（梨、蘋果）、興平、禮泉、涇陽等地果樹根腐病發生嚴重，相鄰省份甘肅天水、山西運城也發現了大面積的根腐果園。根腐病不僅在蘋果、梨樹上發生，桃樹、葡萄、核桃等作物也都有發生。
經調查, 果樹根腐病發病原因主要是：①土壤帶菌；②連茬苗木帶菌；③過量施用化肥，使土壤板結、酸化發病；④過量灌水，使土壤透氣性差而發病；⑤管理不當，干旱、缺少有機肥、環剝過重、結果過多，使樹勢衰弱而誘發病害。
根腐病發生時，一般只有地上部癥狀明顯時才能發現，此時治療為時已晚。地上部癥狀出現后，樹體即喪失結果能力，如果不及時治療將逐步衰弱死亡，挖后重栽則可能引起侵染甚至毀園。過去防治根腐病主要側重于藥劑灌根，成本較高，有效期短，易于復發。
經多年觀察實驗，改良土壤、生物防治是治愈果樹根腐病的唯一有效途徑。具體方法：
㈠ 加強管理, 合理施肥改土。
施肥以基肥為主, 追肥為輔；以有機肥為主，無機肥為輔。另外，應深翻改土，提高土壤通透性，改果園清耕為生草種草，增加植被，清除枯枝落葉，減少病源基數，防止腐爛病危害削弱樹勢，誘發根腐病。對已發病的果園，應及時晾根、曬土、換土，隔離病源菌
